Евгений Новиков в 1993-2007 годах работал в ОАО "Промышленно-строительный банк" в качестве ведущего эксперта экспертной группы кредитного комитета, консультанта, ведущего консультанта отдела управления активами и пассивами, заместителя начальника отдела финансового планирования, заместителя начальника управления финансового планирования и контроля, начальника управления банковских рисков, директора дирекции по управлению активными и пассивными операциями банка. С 2003 года – заместитель председателя правления. В 2007-2009 годах был членом правления банка ВТБ.