Юрий Лапшин в октябре 2014 года перешел на работу в правительство Красноярского края, где занял пост заместителя председателя Правительства региона.

На протяжении 2018 года, последовательно замещал должности первого заместитель председателя Правительства Красноярского края и временно исполняющего полномочия первого заместителя губернатора. Впоследствии, 11 октября 2018 года, Лапшин Юрий Анатольевич назначен на должность первого заместителя Губернатора - председателя Правительства Красноярского края.